• คณะบริหารธุรกิจ
• คณะผลิตกรรมการเกษตร
• คณะวิทยาศาสตร์
• คณะวิศวกรรมและอุตสาหกรรมเกษตร
• คณะเทคโนโลยีการประมงและทรัพยากรทางน้ำ
• คณะพัฒนาการท่องเที่ยว
• คณะศิลปศาสตร์
• คณะเศรษฐศาสตร์
• คณะสถาปัตยกรรมศาสตร์ และการออกแบบสิ่งแวดล้อม
• คณะสัตวศาสตร์และเทคโนโลยี
• คณะสารสนเทศและการสื่อสาร

• วิทยาลัยบริหารศาสตร์
• บัณฑิตวิทยาลัย
• วิทยาลัยพลังงานทดแทน

• สำนักงานอธิการบดี
• กองกลาง
• กองกิจการนักศึกษา
• กองแผนงาน
• กองการเจ้าหน้าที่
• กองคลัง
• กองแนะแนว และศิษย์เก่าสัมพันธ์
• กองวิเทศสัมพันธ์
• กองสวัสดิการ
• กองอาคารและสถานที่
• ศูนย์เทคโนโลยีสารสนเทศ
• ศูนย์ศิลปวัฒนธรรม
• สำนักงานคุณภาพและมาตรฐานการศึกษา
• สำนักงานตรวจสอบภายใน
• สภาข้าราชการ พนักงานและลูกจ้าง
• สภาคณาจารย์

• ศูนย์กล้วยไม้และไม้ดอกไม้ประดับ
• ศูนย์ภาษา
• ศูนย์วิจัยและพัฒนาลำไยแม่โจ้
• ศูนย์อาคารที่พัก (ศูนย์การศึกษาและฝึกอบรมนานาชาติ)
• สถาบันบ่มเพาะวิสาหกิจ
• สถาบันตรวจสอบคุณภาพและมาตรฐานผลิตภัณฑ์
• สำนักงานบริหารทรัพย์สิน
• สำนักพิมพ์มหาวิทยาลัยแม่โจ้
• สำนักฟาร์มมหาวิทยาลัย
• ศูนย์วิจัยเศรษฐกิจและพยากรณ์ทางการเกษตร
• สถาบันรับรองระบบการผลิตผลิตภัณฑ์การเกษตร
• ศูนย์วิจัยพลังงาน

• สำนักวิจัยและส่งเสริมวิชาการเกษตร
• สำนักบริหารและพัฒนาวิชาการ
• สำนักหอสมุด

• สำนักงานสภามหาวิทยาลัย

• หอพักนักศึกษา
• สหกรณ์ออมทรัพย์มหาวิทยาลัยแม่โจ้