การศึกษายีนที่เกี่ยวข้องกับ abiotic stress ในข้าว จากการประชุมพันธุศาสตร์แห่งชาติครั้งที่ 20
วันที่เขียน 4/9/2560 19:24:56     แก้ไขล่าสุดเมื่อ 26/1/2565 16:26:43
เปิดอ่าน: 6475 ครั้ง

Genome-wide association study (GWAS) เป็นการศึกษาความสัมพันธ์ระหว่างลำดับเบสที่แตกต่างกันในจีโนมของกลุ่มประชากรหนึ่งๆ ต่อลักษณะฟีโนไทป์หนึ่งๆ ที่มีความแตกต่างกัน มีวัตถุประสงค์เพื่อให้ทราบบริเวณของดีเอ็นเอที่เกี่ยวข้องกับลักษณะฟีโนไทป์ที่สนใจนั้น ซึ่งในการวิเคราะห์หาบริเวณดีเอ็นเอที่มีความสัมพันธ์กับลักษณะที่ศึกษานั้น นอกจากข้อมูลลำดับดีเอ็นเอแล้ว อาจจะต้องใช้ข้อมูล transcriptomes proteomics และ metabolomics ร่วมวิเคราะห์ด้วย ในการศึกษายีนที่เกี่ยวข้องกับลักษณะทนเค็มในข้าวพบว่ายีนยีน CROOK-NECKED อาจบทบาทสำคัญต่อการตอบสนองต่อการทนเค็ม และอาจเกี่ยวข้องกับการควบคุมการตอบสนองหรือปรับตัวต่อสภาวะความเครียดจากความเค็มในข้าว

การศึกษายีนที่เกี่ยวข้องกับ abiotic stress ในข้าว

Genome-wide association study (GWAS) เป็นการศึกษาความสัมพันธ์ระหว่างลำดับเบสที่แตกต่างกันในจีโนมของกลุ่มประชากรหนึ่งๆ ต่อลักษณะฟีโนไทป์หนึ่งๆ ที่มีความแตกต่างกัน มีวัตถุประสงค์เพื่อให้ทราบบริเวณของดีเอ็นเอที่เกี่ยวข้องกับลักษณะฟีโนไทป์ที่สนใจนั้น ซึ่งสามารถศึกษาร่วมกับการศึกษาทางโอมิกส์ต่างๆ เพื่อให้ได้ข้อมูลของบริเวณดีเอ็นเอที่เกี่ยวข้องได้ถูกต้องแม่นยำมากยิ่งขึ้น เช่นการศึกษายีนที่เกี่ยวข้องกับลักษณะ abiotic stress อาจศึกษาโดยวิธี GWAS ซึ่งจะศึกษาเพื่อเปรียบเทียบลำดับดีเอ็นเอในจีโนมของพืชแต่ละต้น เพื่อหาคสัมพันธ์กับความสามารถในการทนต่อ abiotic stress ร่วมกับการเปรียบเทียบข้อมูล transcriptomes และ proteomes ของพืชทียู่ในสภาวะปกติ และพืชที่อยู่ในสภาวะ abiotic stress และอาจศึกษาข้อมูลของ  metabolomes เพื่อเชื่อมโยงข้อมูลกับวิถีการสังเคราะห์สารเหล่านั้นด้วย แล้วจึงนำข้อมูลที่ได้ไปวิเคราะห์ด้วย bioinformatics เพื่อที่จะหายีนหรือบริเวณดีเอ็นเอที่อาจเกี่ยวข้องกับการทนต่อ abiotic stress หลังจากนั้นจึงศึกษาหน้าที่ของยีนนั้นๆ ด้วยวิธี reverse genetics โดยถ่ายยีนเข้าสู่พืชแล้วจึงศึกษา transcriptome และ proteomes ของพืชที่ถูกถ่ายยีนนี้ เปรียบเทียบกับพืชปกติ พร้อมทั้งศึกษาลักษณะฟีโนไทป์ที่เกิดขึ้น  

          การศึกษายีนที่เกี่ยวข้องกับลักษณะทนเค็มในข้าวโดยวิธี GWAS ดีเอ็นเอในจีโนมของข้าว 171 สายพันธุ์ถูกเปรียบเทียบและศึกษาความสัมพันธ์กับลักษณะการเจริญของรากภายใต้สภาวะปกติ และสภาวะเครียดจากความเค็ม พบว่ามียีนที่อาจเกี่ยวข้อง 19 ยีน และมี 16 ยีนที่พบว่าเป็น orthologous gene กับ Arabidopsis หลังจากนั้นจึงตรวจสอบหน้าที่ของยีนเหล่านั้น โดยศึกษาใน Arabidopsis ที่มียีนเหล่านี้กลายพันธุ์ พบว่า Arabidopsis ที่มีการกลายพันธุ์ของยีน AT5G41770 ซึ่งเป็นยีน ortholog กับ LOC_Os05g22260 หรือ CROOK-NECKED gene สามารถเจริญเติบโตในสภาวะความเครียดจากความเค็ม และมีพิกเมนต์สำหรับการสังเคราะห์แสงในปริมาณที่สูงกว่าพืชปกติ (wild type) นอกจากนี้เมื่อเลี้ยงต้นกลายพันธุ์ (mutant line) ที่อยู่ในระยะออกดอกในสารละลาย 350 mM NaCl พบว่าต้นกลายพันธุ์สามารถรักษาปริมาณพิกเมนต์สำหรับการสังเคราะห์แสง และรักษาระดับน้ำในเซลล์ได้ ดังนั้นยีน CROOK-NECKED จีงมีบทบาทสำคัญต่อการตอบสนองต่อการทนเค็ม และอาจเกี่ยวข้องกับการควบคุมการตอบสนองหรือปรับตัวต่อสภาวะความเครียดจากความเค็ม  

            จากความรู้นี้และความรู้อื่นๆ จากการเข้าร่วมประชุมสามารถนำมาในการเรียนการสอนต่างๆ ในสาขาวิชาพันธุศาสตร์ และใช้ในการวิจัยได้    

ที่มา:      Kojonna T, Khunpolwattana N, Buaboocha T, Pongpanich M, Suriya-aroonroj D and Chadchawan S. (2007) Genome-wide association study for root biomass under salt stress at seedling stage in local Thai rice varieties. In National Genetics Conference 2017 “Integrative Genetics: from Discovery to Innovation” (pp. 106). Online proceeding. 

            Chadchawan S. (2017) Omic science for abiotic stress tolerant gene identification and mechanism studies. In National Genetics Conference 2017 “Integrative Genetics: from Discovery to Innovation” (pp. 17). Online proceeding.

 

คำสำคัญ :
กลุ่มบทความ :
หมวดหมู่ :
แชร์ :
https://erp.mju.ac.th/acticleDetail.aspx?qid=719
ความคิดเห็นทั้งหมด (0)
ไม่มีข้อมูลตามเงื่อนไขที่ท่านกำหนด
รายการบทความการแลกเปลี่ยนเรียนรู้หมวดหมู่ : กลุ่มงานสายวิชาการ
สรุปและการนำไปใช้ประโยชน์การประชุมวิชาการระดับชาติมหาวิทยาลัยแม่โจ้ ประจำปี 2564 (online) » สรุปและการนำไปใช้ประโยชน์การประชุมวิชาการระดับชาติมหาวิทยาลัยแม่โจ้ ประจำปี 2564 (online)
1.การคัดเลือกเครื่องหมายดีเอ็นเอชนิด SSR ที่ยึดติดกับยีน OsB1 และ OsB2 ที่ควบคุมการสังเคราะห์แอนโทไซยานินในเยื่อหุ้มเมล็ด (ช่อทิพาและคณะ,2564)จากการศึกษาและคัดเลือกเครื่องหมาย ดีเอ็นเอชนิด SSR ที่ย...
SSR anthocyanin สังข์หยด ข้าวโพดเลี้ยงสัตว์     กลุ่มงานตามสมรรถนะบุคลากร   กลุ่มงานสายวิชาการ
ผู้เขียน ทุเรียน ทาเจริญ  วันที่เขียน 16/1/2565 20:55:26  แก้ไขล่าสุดเมื่อ 26/1/2565 14:16:18   เปิดอ่าน 250  ครั้ง | แสดงความคิดเห็น 0  ครั้ง
สรุปรายงานการอบรม » การอบรมแบบออนไลน์ เรื่อง Active learning: Engaging students in online classes
จากสถานการณ์การแพร่ระบาดของโรคไวรัสโคโรนาสายพันธุ์ใหม่ 2019 (COVID-19) ทำให้รูปแบบการเรียนรู้จากห้องเรียนปรับเปลี่ยนสู่รูปแบบการเรียนการสอนเป็นแบบออนไลน์เพื่อให้เหมาะสมกับสถานการณ์ที่มีการเปลี่ยนแป...
4P  Active learning  Digital skills  Look-Smile-Talk  Personal skills  Teaching skills  แบบสอบถามใจ     กลุ่มงานตามสมรรถนะบุคลากร   กลุ่มงานสายวิชาการ
ผู้เขียน ชมัยพร นิธิกาจณ์พานิช  วันที่เขียน 15/11/2564 16:19:38  แก้ไขล่าสุดเมื่อ 26/1/2565 14:51:09   เปิดอ่าน 834  ครั้ง | แสดงความคิดเห็น 0  ครั้ง
บทความวิชาการ » การพัฒนาทักษะด้านการใช้งาน การพัฒนา หรือการออกแบบผลิตภัณฑ์สินค้าและบริการ ด้วยเทคโนโลยีและนวัตกรรม AR VR MR และ 3D ในระดับเบื้องต้น
เทคโนโลยีและนวัตกรรม นับเป็นปัจจัยสำคัญปัจจัยหนึ่งสำหรับการดำเนินกิจการงานต่าง ๆ ในเรื่องการสนับสนุนข้อมูลด้านการท่องเที่ยว การขนส่ง และการเกษตร รวมถึงด้านการศึกษา ซึ่งเป็นการพัฒนาทักษะด้านการใช้งา...
AR  MR  VR     กลุ่มงานตามสมรรถนะบุคลากร   กลุ่มงานสายวิชาการ
ผู้เขียน ภานุวัฒน์ เมฆะ  วันที่เขียน 29/10/2564 15:10:28  แก้ไขล่าสุดเมื่อ 26/1/2565 14:16:38   เปิดอ่าน 787  ครั้ง | แสดงความคิดเห็น 0  ครั้ง