เทคโนโลยีการหาลำดับเบส Next Generation Sequencing
วันที่เขียน 10/9/2564 14:35:13     แก้ไขล่าสุดเมื่อ 26/5/2567 17:12:43
เปิดอ่าน: 17573 ครั้ง

Next Generation Sequencing (NGS) คือ เทคโนโลยีการหาลำดับนิวคลีโอไทด์หรือลำดับเบสของดีเอ็นเอ เพื่อศึกษาความผันแปรทางพันธุกรรมที่เกี่ยวข้องกับลักษณะต่าง ๆ ปัจจุบันเทคนิค NGS ได้ถูกนำมาใช้ในงานวิจัยอย่างแพร่หลาย การใช้ NGS ศึกษาด้านการปรับปรุงพันธุ์และความหลากหลายทางชีวภาพ เทคนิค NGS สามารถนำมาใช้ในการศึกษา Genotyping-By-Sequencing (GBS) มีประโยชน์ทำให้ช่วยประหยัดเวลาและค่าใช้จ่าย ได้ข้อมูลลำดับนิวคลีโอไทด์และพัฒนาเครื่องหมายดีเอ็นเอ ซึ่งจะนำมาช่วยในการคัดเลือกลักษณะที่ดีทางการเกษตรได้อย่างรวดเร็วและแม่นยำในการปรับปรุงพันธุ์พืชและสัตว์

Next Generation Sequencing (NGS) คือ เทคโนโลยีการหาลำดับนิวคลีโอไทด์หรือลำดับเบสของดีเอ็นเอ เพื่อศึกษาความผันแปรทางพันธุกรรมที่เกี่ยวข้องกับลักษณะต่าง ๆ การวิเคราะห์ลำดับเบส NGS เป็นเทคโนโลยีที่มีความก้าวหน้าไปอย่างรวดเร็ว ทำให้สามารถหาลำดับนิวคลีโอไทด์โดยได้ข้อมูลปริมาณมาก (high-throughput) ทำได้หลายตัวอย่างในเวลาเดียวกัน และมีความไวในการตรวจหาการกลายพันธุ์ของสารพันธุกรรมสูง (high sensitivity) ทำให้การศึกษาวิจัยทำได้อย่างรวดเร็ว และประหยัดค่าใช้จ่าย NGS สามารถนำไปประยุกต์ใช้ได้หลายด้าน ได้แก่ epigenetic, discovery of genetic variation, genetic diversity, population validation, community of microbial และ gene expression level

ขั้นตอนของ NGS (NGS workflow) ประกอบด้วย 1. Construct library เป็นการสร้าง sequencing library จากตัวอย่างซึ่งเป็นดีเอ็นเอหรือ cDNA ที่มีขนาดสั้นประมาณ 100-800 bp 2. Clonal amplification เป็นการนำ DNA library ไปติดกับ solid surface และทำการเพิ่มปริมาณดีเอ็นเอเพื่อเพิ่มสัญญานที่จะทำให้สามารถตรวจวัดได้จากแต่ละเป้าหมายในระหว่างการหาลำดับเบส 3. Sequence library ทำการหาลำดับเบสของดีเอ็นเอทั้งหมดใน library ในเวลาเดียวกัน โดยใช้วิธี “sequencing by synthesis” และ 4. Analyze data เป็นการวิเคราะห์ข้อมูลโดยข้อมูลที่ได้จาก NGS ประกอบด้วย short DNA reads มีปริมาณมากและเป็นข้อมูลที่ซับซ้อน

การจัดจำแนกชนิดของ NGS ได้แก่ 1. Experiment & Sample เช่น QTLseq, MutMap-seq, Trio-seq, GBS, GWAS, single-cell-seq, metagenomics 2. Library constructions เช่น WGS, RAD, Target-seq, Amplicon, 16s-seq, RNAseq, InRNAseq 3. Platform technologies เช่น Illumina, Roche 454, ION Torrent, PacBio, Nanopore

ปัจจุบัน เทคนิค NGS ได้ถูกนำมาใช้ในงานวิจัยอย่างแพร่หลาย ได้แก่ การศึกษาลำดับนิวคลีโอไทด์ของสารพันธุกรรมทั้งหมดของสิ่งมีชีวิต (Whole genome sequencing; WGS) การหาลำดับเบสของอาร์เอ็นเอ (Transcriptome หรือ RNA sequencing) การศึกษาความหลากหลายของแบคทีเรีย (Metagenomic sequencing; Metagenome) การศึกษาเฉพาะลำดับนิวคลีโอไทด์บางส่วน เช่น Exome sequencing, Targeted sequencing การศึกษา epigenome sequencing เช่น การศึกษาการเกิด methylation ของดีเอ็นเอ

การใช้ NGS ศึกษาด้านการปรับปรุงพันธุ์และความหลากหลายทางชีวภาพ ในการปรับปรุงพันธุ์ เทคนิค NGS สามารถนำมาใช้ในการศึกษา Genotyping-By-Sequencing (GBS) มีประโยชน์ทำให้ช่วยประหยัดเวลาและค่าใช้จ่าย ได้ข้อมูลลำดับนิวคลีโอไทด์และพัฒนาเครื่องหมายดีเอ็นเอ และสามารถค้นหายีนได้ หลังจากการวิเคราะห์ NGS แล้ว นำผลที่ได้มาวิเคราะห์ต่อโดยการทำ filter sequence variant, filter significant gene และการค้นหาลำดับนิวคลีโอไทด์และยีน การพัฒนาเครื่องหมายดีเอ็นเอ เช่น SNP (Single Nucleotide Polymorphism) marker, CAPs (Cleaved amplified polymorphic sequence) marker, HRM (High resolution melt) marker, SBE (Single-base extension) marker, PACE (PCR allele competitive extension) SNP, ซึ่งเครื่องหมายดีเอ็นเอจะนำมาช่วยในการคัดเลือกลักษณะที่ดีทางการเกษตรได้อย่างรวดเร็วและแม่นยำในการปรับปรุงพันธุ์พืชและสัตว์

คำสำคัญ :
กลุ่มบทความ :
หมวดหมู่ :
แชร์ :
https://erp.mju.ac.th/acticleDetail.aspx?qid=1205
ความคิดเห็นทั้งหมด (0)
ไม่มีข้อมูลตามเงื่อนไขที่ท่านกำหนด
รายการบทความการแลกเปลี่ยนเรียนรู้หมวดหมู่ : กลุ่มงานสายวิชาการ
Data Science คืออะไร และนำมาใช้ประโยชน์อย่างไร » Data Science คืออะไร และนำมาใช้ประโยชน์อย่างไร
Data Science หรือ วิทยาการข้อมูล หมายถึง การนำข้อมูลมาใช้ประโยชน์ โดยครอบคลุมตั้งแต่ขั้นตอนการเก็บข้อมูล (Collect) การจัดการข้อมูล (Manage) การวิเคราะห์ข้อมูล (Analyze) ไปจนถึงขั้นตอนการนำข้อมูลมาช...
Data Science  วิทยาการข้อมูล     กลุ่มงานตามสมรรถนะบุคลากร   กลุ่มงานสายวิชาการ
ผู้เขียน ธวัชชัย เพชรธาราทิพย์  วันที่เขียน 24/4/2567 13:27:01  แก้ไขล่าสุดเมื่อ 25/5/2567 12:28:37   เปิดอ่าน 56  ครั้ง | แสดงความคิดเห็น 0  ครั้ง
การเผยแพร่ความรู้ที่ได้จากการเข้าร่วมประชุมวิชาการ/อบรม/สัมมนา » การประชุมวิชาการระดับชาติ วิทยาศาสตร์ เทคโนโลยีและนวัตกรรม ครั้งที่ 5 มหาวิทยาลัยแม่โจ้
การประชุมวิชาการระดับชาติ วิทยาศาสตร์ เทคโนโลยีและนวัตกรรม ครั้งที่ 5 ในวันที่ 28 มีนาคม 2567 เวลา 08.00 - 17.00 น. ณ ห้องเอกภพวิทยา ชั้น G อาคารจุฬาภรณ์ คณะวิทยาศาสตร์ มหาวิทยาลัยแม่โจ้ ซึ่งจัดโดย...
ChatGPT  การประชุมวิชาการ  เทคโนโลยี  วิทยาศาสตร์  สิ่งแวดล้อม     กลุ่มงานตามสมรรถนะบุคลากร   กลุ่มงานสายวิชาการ
ผู้เขียน พิกุล ศรีดารัตน์  วันที่เขียน 11/4/2567 15:19:10  แก้ไขล่าสุดเมื่อ 25/5/2567 20:25:25   เปิดอ่าน 82  ครั้ง | แสดงความคิดเห็น 0  ครั้ง
รายงานสรุปเนื้อหาและการนำไปใช้ประโยชน์จากการเข้าอบรม สัมมนาหรือประชุมวิชาการ » รายงานสรุปเนื้อหาและการนำไปใช้ประโยชน์จากการเข้าร่วมและนำเสนอผลงาน การประชุมวิชาการระดับชาติ วิทยาศาสตร์ เทคโนโลยีและนวัตกรรม ครั้งที่ 5
รายงานสรุปเนื้อหาและการนำไปใช้ประโยชน์จากการเข้าร่วมและนำเสนอผลงาน การประชุมวิชาการระดับชาติ วิทยาศาสตร์ เทคโนโลยีและนวัตกรรม ครั้งที่ 5
รายงานสรุปเนื้อหา     กลุ่มงานตามสมรรถนะบุคลากร   กลุ่มงานสายวิชาการ
ผู้เขียน ศิริพร สมุทรวชิรวงษ์  วันที่เขียน 2/4/2567 16:14:15  แก้ไขล่าสุดเมื่อ 24/5/2567 22:49:29   เปิดอ่าน 104  ครั้ง | แสดงความคิดเห็น 0  ครั้ง