การรับรองระบบงานของหนวยรับรอง (Certified Body Accreditation ) คือ การยอมรับอยางเป็นทางการวา หนวยรับรอง (Certified Body) มีความสามารถและความเป็นกลางในการดําเนินการใหบริการงานตรวจรับรองเปนไปตามมาตรฐาน มอก. 17065 (ISO/IEC 17065) โดยมีวัตถุประสงคเพื่อเป็นการประกันคุณภาพในการใหบริการงานตรวจรับรอง และลดการตรวจประเมินซ้ำซอนจากผูใชบริการต่างๆ
สำหรับการรับรองระบบงานของหนวยตรวจรับรองในประเทศไทยเปนกิจกรรมใหม ซึ่งไดดําเนินการจัดตั้งเป็นส่วนรับรองหนวยรับรองสังกัดสํานักงานคณะกรรมการแหงชาติวาดวยการรับรองระบบงาน (Office of the National Accreditation Council) โดยไดดําเนินการจัดทําระบบการบริหารจัดการของสวนรับรองหน่วยรับรองใหเปนไปตามมาตรฐานสากล เพื่อรองรับการรับรองระบบงานของหนวยรับรองตางๆ ทั้งภาครัฐ และเอกชนของประเทศ
ดังนั้นหนวยรับรองที่ประสงคจะไดรับการรับรองระบบงานจึงตองมีการจัดทําระบบการบริหารจัดการภายในองคกรของตนใหเปนไปตามมาตรฐาน มอก. 17065 : ขอกําหนดทั่วไปสําหรับหนวยรับรองซึ่งเปนมาตรฐานเชนเดียวกันกับมาตรฐานสําหรับหนวยตรวจของสากล คือ ISO/IEC 17065 : Conformity assessment — Requirements for bodies certifying products, processes and services
ถามีหน่วยงานภายในมหาวิทยาลัยที่ทำหน้าเปนหนวยตรวจและไดมีดําเนินการจัดทําระบบคุณภาพภายในองคกรตามมาตรฐาน มอก. 17065 ดังกลาวขางตน การไดรับการรับรองระบบงานจากสวนหนวยรับรองเปนการยืนยัน พิสูจนใหผูใชบริการเห็นวา หนวยงานมีการจัดองคกร ขั้นตอนการดําเนินงาน และบุคลากรเปนไปตามเกณฑมาตรฐานสากล และผานการตรวจประเมินโดยผูตรวจประเมินที่มีความรูความสามารถทางวิชาการ และประสบการณเพื่อใหเกิดความเชื่อมั่นในความสามารถและความเปนกลางของการตรวจรับรองเปนที่ยอมรับของผูใชบริการ
ส่วนผู้ใชบริการงานตรวจรับรอง จากหนวยรับรองที่ไดรับการรับรองระบบงานจากหนวยงานที่เปนที่ยอมรับระดับประเทศนั้น เปนวิธีทางที่งายที่สุดในการใหความมั่นใจในรายงานผลการรับรองที่ไดรับ และเปนการสรางความนาเชื่อถือในวงการคาวา รายงานผลการรับรองดังกลาวที่ไดรับจากหนวยรับรองไดดําเนินการอยางมีระบบเปนไปตามมาตรฐานสากล