การปฏิบัติการทางจุลชีววิทยาต้องอาศัยหลัก “ปลอดภัยไว้ก่อน (safety first)” เช่นเดียวกับการปฏิบัติงานอื่นๆ แต่จะต้องเน้นเรื่องความสะอาดและปลอดภัยจากเชื้อจุลินทรีย์

        การปฏิบัติการทางจุลชีววิทยาต้องอาศัยหลัก “ปลอดภัยไว้ก่อน (safety first)” เช่นเดียวกับการปฏิบัติงานอื่นๆ แต่จะต้องเน้นเรื่องความสะอาดและปลอดภัยจากเชื้อจุลินทรีย์ ซึ่งสรุปเป็นแนวทางปฏิบัติได้ดังนี้

1. ควรสวมเสื้อคลุมกันเปื้อนสีขาว (เสื้อกราวน์) ทุกครั้งเมื่อเข้าปฏิบัติการ
2. ไม่นำวัสดุอุปกรณ์ที่ไม่จำเป็น เช่น กระเป๋า หรืออื่น ๆ มาวางไว้ในบริเวณที่ทำปฏิบัติการ
3. ทำความสะอาดโต๊ะปฏิบัติการ และเช็ดด้วยเอธิลแอลกอฮอล์เข้มข้น ร้อยละ 70 ทั้งก่อนและหลังปฏิบัติการ
4. ล้างมือให้สะอาดด้วยสบู่ และเช็ดมือด้วยเอธิลแอลกอฮอล์เข้มข้น ร้อยละ 70 ก่อนและหลังปฏิบัติการทุกครั้ง
5. ฆ่าเชื้อที่เข็มเขี่ย (needle) หรือห่วงเขี่ยเชื้อ (loop) ก่อนและหลังการเขี่ยเชื้อทุกครั้ง โดยการเผาไฟบริเวณปลายอุปกรณ์ดังกล่าวให้ร้อนแดงก่อน แล้วเผาเรื่อยมาจนร้อนแดงตลอดความยาวของเส้นลวด และควรเผาให้เลยขึ้นมาถึงด้ามอีกเล็กน้อย ระวังอย่าให้มีเชื้อเหลือติดอยู่บนปลายเส้นลวดของอุปกรณ์ดังกล่าวมากเกินไป เพราะเชื้อจะกระเด็นเปื้อนระหว่างการเผา และห้ามวางเข็มหรือห่วงเขี่ยเชื้อบนพื้นโต๊ะปฏิบัติการ ควรจัดหาภาชนะสำหรับใส่หรือวาง
6. ให้ทิ้งอุปกรณ์ที่ปนเปื้อนเชื้อทุกชนิดในภาชนะที่มีน้ำยาฆ่าเชื้อ
7. ควรเขี่ยเชื้อในบริเวณที่ไม่มีลมพัด
8. ถ้าเชื้อหก หรือภาชนะแตกให้รีบกำจัดเชื้อ โดยเทน้ำยาฆ่าเชื้อ แล้วเช็ดออก จากนั้นเช็ดบริเวณรอบ ๆ ด้วยน้ำยาฆ่าเชื้อ ด้วยความระมัดระวังและต้องแจ้งให้เจ้าหน้าที่ประจำห้องปฏิบัติการทราบ
9. ห้ามนำเชื้อจุลินทรีย์ออกนอกห้องปฏิบัติการ ก่อนได้รับอนุญาตจากเจ้าหน้าที่ประจำห้องปฏิบัติการ โดยเด็ดขาด
10. ห้ามใช้ปากหรือลิ้น อม เลีย วัตถุต่างๆ เช่น ปากกา ไม้บรรทัด บุหรี่ ฯลฯ และห้ามดื่มหรือรับประทานอาหารหรือสิ่งใดๆ ในห้องปฏิบัติการโดยเด็ดขาด และหลีกเลี่ยงการกระทำใดๆ ซึ่งอาจทำให้เกิดการติดเชื้อเข้าสู่ร่างกายได้
11. หลอดอาหารหรือจานเพาะเชื้อที่ปลูกเชื้อแล้ว ก่อนนำไปบ่มจะต้องเขียนบันทึกรายละเอียดที่จำเป็นด้วยปากกาหรือดินสอเขียนแก้วไว้บนอุปกรณ์ดังกล่าว หรืออาจเขียนไว้บนแผ่นกระดาษ แล้ววางหรือติดไว้บนอุปกรณ์ดังกล่าว ให้ชัดเจน โดย รายละเอียดที่บันทึก ได้แก่ รหัสเชื้อ (code number) หรือชื่อเชื้อ อาหารที่ใช้ทดสอบ อุณหภูมิที่ใช้ วันเดือนปีที่ปลูกเชื้อ วันสิ้นสุดการทดลอง ผู้ดำเนินการทดลอง เป็นต้น นอกจากนี้อาจระบุหมายเหตุที่ควรระมัดระวัง เช่น ห้ามเคลื่อนย้าย ห้ามเปลี่ยนอุณหภูมิ ห้ามเขย่า เป็นต้น
12. เช็ดและทำความสะอาดเครื่องมือ/อุปกรณ์ที่ใช้ในห้องปฏิบัติการอย่างสม่ำเสมอ และใช้วิธีการที่ถูกต้องและเหมาะสม
13. ลงบันทึกการใช้งานเครื่องมือ (log book) ทุกเครื่อง และลงบันทึกการเข้า – ออกห้องปฏิบัติการทุกครั้ง  และปฏิบัติตามคำแนะนำหรือกฎระเบียบของห้องปฏิบัติการอย่างเคร่งครัด
14. การทิ้งเศษอาหารที่เป็นวุ้น ควรใส่ในถุงพลาสติกแล้วนำไปทิ้งในถังขยะที่จัดให้ ห้ามทิ้งเศษอาหารวุ้นลงในอ่างน้ำโดยเด็ดขาด
15. เครื่องแก้วที่บรรจุอาหารเลี้ยงเชื้อซึ่งใช้ทดสอบแล้ว ต้องนำไปรวมไว้ในตะกร้าที่จัดให้ และควรรอนำไปฆ่าเชื้อพร้อมๆ กัน หากมีเครื่องแก้วที่แตกเสียหาย ควรแยกทิ้งในถังขยะที่จัดไว้ให้โดยเฉพาะ และเมื่อเกิดการเสียหายจะต้องรีบแจ้งให้เจ้าหน้าที่ประจำห้องปฏิบัติการ