การศึกษา ค้นคว้า หรือการทำงานวิจัย โดยใช้กล้องจุลทรรศน์เป็นเครื่องมือพื้นฐานนั้น จำเป็นอย่างยิ่งที่ต้องมีความรู้เกี่ยวการเลือกใช้กล้องจุลทรรศน์ให้เหมาะสมกับสิ่งที่ต้องการศึกษา อีกทั้งควรมีทักษะการใช้เครื่องมือ และการดูแลรักษาที่ถูกต้อง จะช่วยทำให้ผลการทดลองเป็นที่น่าเชื่อถือ และเป็นการยืดอายุการใช้งานของเครื่องมือต่างๆอีกด้วย การใช้งานกล้องจุลทรรศน์แบบใช้แสง ชนิดหัวกลับ เป็นกล้องที่มี objective Len อยู่ใต้ตัวอย่าง กล้องประเภทนี้เหมาะกับตัวอย่างที่เกาะติดอยู่บริเวณผิวก้นหลอด ได้แก่ เซลล์เม็ดเลือด แต่การดูเซลล์ผ่านกล้องจุลทรรศน์ชนิดหัวกลับ จะสามารถสังเกตเห็นรูปร่างลักษณะภายนอกเซลล์เท่านั้น ไม่สามารถมองเห็นสิ่งต่างๆภายในเซลล์ได้ ดังนั้นหากต้องการมองเห็นลักษณะภายในเซลล์ ต้องใช้ชุดฟลูออเรสเซ็นต์เข้ามาช่วย เราจึงเรียกกล้องประเภทนี้ว่า กล้องจุลทรรศน์หัวกลับพร้อมชุดฟลูออเรสเซ็นต์ นิยมใช้ศึกษาสิ่งมีชีวิตขนาดเล็ก ที่มีคุณสมบัติสามารถเรืองแสงหรือเปล่งแสงได้ เมื่อได้รับพลังงานแสงจากแหล่งกำเนิดที่มีพลังงานสูง เช่นแสง UV ซึ่งเป็นแสงที่มีความยาวคลื่นต่ำ ทำให้เป็นแสงที่มีพลังงานสูง เมื่อแสงถูกปล่อยให้ไปกระทบกับวัตถุที่มีความสามารถดูดกลืนแสงได้ วัตถุจะปลดปล่อยพลังงานออกมา ในลักษณะที่เป็นแสงที่ตาเรามองเห็นได้ (visible light)

การศึกษา ค้นคว้า หรือการทำงานวิจัย โดยใช้กล้องจุลทรรศน์เป็นเครื่องมือพื้นฐานนั้น จำเป็นอย่างยิ่งที่ต้องมีความรู้เกี่ยวการเลือกใช้กล้องจุลทรรศน์ให้เหมาะสมกับสิ่งที่ต้องการศึกษา อีกทั้งควรมีทักษะการใช้เครื่องมือ และการดูแลรักษาที่ถูกต้อง จะช่วยทำให้ผลการทดลองเป็นที่น่าเชื่อถือ และเป็นการยืดอายุการใช้งานของเครื่องมือต่างๆอีกด้วย

การใช้งานกล้องจุลทรรศน์แบบใช้แสง ชนิดหัวกลับ เป็นกล้องที่มี objective Len อยู่ใต้ตัวอย่าง กล้องประเภทนี้เหมาะกับตัวอย่างที่เกาะติดอยู่บริเวณผิวก้นหลอด ได้แก่ เซลล์เม็ดเลือด แต่การดูเซลล์ผ่านกล้องจุลทรรศน์ชนิดหัวกลับ จะสามารถสังเกตเห็นรูปร่างลักษณะภายนอกเซลล์เท่านั้น ไม่สามารถมองเห็นสิ่งต่างๆภายในเซลล์ได้ ดังนั้นหากต้องการมองเห็นลักษณะภายในเซลล์ ต้องใช้ชุดฟลูออเรสเซ็นต์เข้ามาช่วย เราจึงเรียกกล้องประเภทนี้ว่า กล้องจุลทรรศน์หัวกลับพร้อมชุดฟลูออเรสเซ็นต์ นิยมใช้ศึกษาสิ่งมีชีวิตขนาดเล็ก ที่มีคุณสมบัติสามารถเรืองแสงหรือเปล่งแสงได้ เมื่อได้รับพลังงานแสงจากแหล่งกำเนิดที่มีพลังงานสูง เช่นแสง UV ซึ่งเป็นแสงที่มีความยาวคลื่นต่ำ ทำให้เป็นแสงที่มีพลังงานสูง เมื่อแสงถูกปล่อยให้ไปกระทบกับวัตถุที่มีความสามารถดูดกลืนแสงได้ วัตถุจะปลดปล่อยพลังงานออกมา ในลักษณะที่เป็นแสงที่ตาเรามองเห็นได้ (visible light)

สีย้อมแต่ละชนิด เหมาะกับช่วงคลื่นต่างๆที่ไม่เหมือนกัน ดังนั้นควรเลือกใช้ช่วงคลื่น (Excitation) ให้เหมาะสม เช่น Blue excitation เหมาะกับตัวอย่างที่ย้อมด้วย สีย้อม FITC, Acridine orange และ Auramine สำหรับ Green excitation เหมาะกับตัวอย่างที่ย้อมด้วย สีย้อม Rhodamine, TRITC และ Propidium iodide และ UV excitation เหมาะกับสีย้อม DAPI ซึ่งเป็นที่นิยมใช้มากสำหรับการศึกษาตัวอย่าง DNA และChromosome

ขณะใช้งานกล้องจุลทรรศน์ควรปฏิบัติตามคำแนะนำ หรือกฎระเบียบอย่างเคร่งครัด เพื่อป้องกันความเสียหายที่อาจเกิดกับตัวผู้ใช้เอง หรือเกิดกับตัวกล้อง หลังการใช้งานควรปฏิบัติตามระเบียบ ดังนี้ หลังจากใช้กล้องจุลทรรศน์เสร็จ ใช้ผ้าที่สะอาดและแห้งเช็ดทำความสะอาดส่วนที่เป็นโลหะ สำหรับส่วนที่เป็นเลนส์และกระจกทำความสะอาดโดยใช้กระจกเช็ดเลนส์เท่านั้น เลื่อนที่หนีบสไลด์ให้ตั้งฉากกับตัวกล้อง หมุนเลนส์ใกล้วัตถุที่มีกำลังขยายต่ำสุดให้อยู่ในแนวลำกล้องแล้วเลื่อนให้อยู่ในระดับต่ำสุด ใช้ผ้าคลุมไว้เมื่อเลิกใช้งาน อย่าเก็บกล้องไว้ในที่ชื้นเพราะจะทำให้เลนส์ขึ้นรา

การทำความสะอาดเลนส์

1. เป่าหรือปัดเศษผงหรือวัสดุอื่นๆที่อาจจะก่อให้เกิดรอยขูดขีดบนพื้นผิวเลนส์ โดยใช้ลูกยางบีบ หรือปัดด้วยแปรงขนอ่อนๆ แต่ถ้ายังไม่สามารถเอาออกได้ให้ใช้ผ้าขาวบางที่สะอาดและนุ่มชุบด้วยน้ำเช็ดเบาๆ 
2. เตรียมน้ำยาเช็ดเลนส์ (อีเทอร์:แอลกอฮอล์ = 60:40) 
3. ทำความสะอาดทั้งเลนส์ใกล้ตา และเลนส์ใกล้วัตถุ ใช้ cotton bud หรือ กระดาษเช็ดเลนส์พันรอบปลายคีบ แล้วชุบด้วยน้ำยาเช็ดเลนส์เพียงเล็กน้อย แล้วจึงเริ่มเช็ดเลนส์จากจุดศูนย์กลางของเลนส์แล้วหมุนทำรัศมีกว้างขึ้นเรื่อยๆไปสู่ขอบเลนส์อย่างช้าๆ 
4. ในการใช้น้ำยาเช็ดเลนส์ต้องระวังด้วยว่าน้ำยานั้นสามารถละลายสีของกล้องและละลายกาวของเลนส์ได้ จึงควรใช้ปริมาณเล็กน้อยและใช้เช็ดเลนล์เท่านั้น
5. ในการผสมน้ำยาเช็ดเลนส์จะต้องใช้ปรืมาณที่เหมาะสม หากอีเทอร์มากเกินไปอาจทำให้มีรอยการเช็ดอยู่บนเลนส์ได้ แต่ถ้าแอลกอฮอล์มากเกินไปจะมีรอยเป็นคราบอยู่บนเลนส์เช่นกัน