แผนการพัฒนามหาวิทยาลัยแม่โจ้ แบ่งออกเป็น 3 ระดับ (7 แผน)
ระดับ 1: แผนแม่บทการเปลี่ยนผ่านมหาวิทยาลัยสู่ปีที่ 100 (2477-2577)
แผนยุทธศาสตร์การพัฒนามหาวิทยาลัยระยะ 15 ปี (2555-2569) Organic Green Eco
ระดับ 2: แผนพัฒนาการศึกษามหาวิทยาลัยฉบับที่ 13 (2565-2569)
แผนพัฒนาความเป็นเลิศ (2566-2570) การพลิกโฉมมหาวิทยาลัย
แผนบริหารมหาวิทยาลัยระยะ 4 ปี ของอธิการบดี
แผนปฏิบัติการมหาวิทยาลัย “MJU AS ONE”
ระดับ 3: แผนปฏิบัติการของคณะ/ส่วนงาน