โครงการจัดตั้งศูนย์กล้วยไม้และไม้ดอกไม้ประดับ สำนักงานอธิการบดี ได้รับความเห็นชอบให้แบ่งส่วนราชการเป็น สำนักงานเลขานุการศูนย์กล้วยไม้และไม้ดอกไม้ประดับ (เทียบเท่าคณะ) และให้ยุบเลิกศูนย์กล้วยไม้และไม้ดอกไม้ประดับ สำนักงานอธิการบดี ตั้งแต่ปีงบประมาณ 2544 โดยมีวัตถุประสงค์ ดังนี้
- เพื่อเป็นศูนย์บริการวิชาการและถ่ายทอดเทคโนโลยีด้านกล้วยไม้และไม้ดอกไม้ประดับให้แก่นิสิต นักศึกษา และประชาชนผู้ที่สนใจ
- เพื่อสนับสนุนด้านการเรียนการสอน การวิจัย และพัฒนาศักยภาพด้านการผลิตและการส่งออกกล้วยไม้และไม้ดอกไม้ประดับของไทยสู่ตลาดโลก
- เพื่อเป็นศูนย์การศึกษา วิจัยด้านการจำแนกตรวจสอบสายพันธุ์ การปรับปรุงพันธุ์และพัฒนาสายพันธุ์ใหม่ให้มีความเหมาะสมแก่สภาพสิ่งแวดล้อมและตลาด
- เพื่อเป็นศูนย์ความร่วมมือทางวิชาการด้านกล้วยไม้และไม้ดอกไม้ประดับกับหน่วยงานของภาครัฐและเอกชนภายในประเทศและต่างประเทศ
- เพื่อเป็นศูนย์กลางการประชุม สัมมนา ฝึกอบรมและจัดนิทรรศการต่าง ๆ