ในปัจจุบันการพัฒนาปรับปรุงพันธุ์พืชเป็นกิจกรรมที่ทำกันทั้งโดยนักวิทยาศาสตร์และเกษตรกร จึงเกิดแนวความคิดในการให้ความคุ้มครองแก่พันธุ์พืชต่างๆ ที่ได้รับการพัฒนาปรับปรุงพันธุ์ให้มีคุณสมบัติดีขึ้น เพื่อช่วยส่งเสริมให้มีการคิดค้นตลอดจนนำเทคโนโลยีใหม่ๆ มาใช้ในการปรับปรุงพันธุ์พืช และช่วยให้การใช้ประโยชน์จากทรัพยากรชีวภาพเป็นไปอย่างยั่งยืน
การปรับปรุงพันธุ์พืชให้มีคุณสมบัติดีขึ้นได้ก่อให้เกิดประโยชน์แก่มนุษยชาติอย่างมหาศาล เพราะเมื่อพืชมีคุณสมบัติดีขึ้นก็จะช่วยให้เกษตรกรสามารถเพิ่มผลผลิตที่จำเป็นต่อการดำรงชีวิตของมนุษย์ได้ ดังนั้นเมื่อมีการจำหน่ายส่วนขยายพันธุ์พืชไปแล้ว ผู้ซื้อสามารถนำเอาส่วนขยายพันธุ์เหล่านั้นไปขยายพันธุ์ต่อไปอีกได้โดยไม่จำกัด จึงเกิดการเรียกร้องให้มีการคุ้มครองพันธุ์พืชจากนักปรับปรุงพันธุ์ ด้วยเหตุผลที่ว่า การปรับปรุงพันธุ์พืชต้องอาศัยระยะเวลาที่ยาวนานและเงินลงทุนจำนวนมาก แต่ค่าตอบแทนที่ได้รับจากการนำเอาส่วนขยายพันธุ์พืชมาจำหน่ายในครั้งแรกนั้นไม่เพียงพอเมื่อเปรียบเทียบกับเงินลงทุนที่สูญเสียไป นักปรับปรุงพันธุ์เหล่านี้จึงเรียกร้องให้มีการนำระบบทรัพย์สินทางปัญญามาใช้ในการคุ้มครองพันธุ์พืช
สาระสำคัญของพระราชบัญญัติคุ้มครองพันธุ์พืช พ.ศ. 2542 มีดังต่อไปนี้
1. สิ่งที่ได้รับความคุ้มครอง
กฎหมายคุ้มครองพันธุ์พืชของไทยได้ให้ความคุ้มครองแก่พันธุ์พืช 2 กลุ่มคือ พันธุ์พืชใหม่ กับพันธุ์พืชพื้นเมืองและพันธุ์พืชป่า โดยพันธุ์พืชพื้นเมืองที่กฎหมายให้ความคุ้มครองจะแบ่งออกเป็น 2 ประเภทคือ พันธุ์พืชพื้นเมืองทั่วไป และพันธุ์พืชพื้นเมืองเฉพาะถิ่น
2. การคุ้มครองพันธุ์พืชใหม่
พันธุ์พืชใหม่ที่จะนำมาขอรับความคุ้มครองตามกฎหมายนี้ ต้องเป็นพันธุ์พืชที่มีลักษณะประจำพันธุ์แตกต่างจากพันธุ์พืชอื่น (Distinctiveness) มีความสม่ำเสมอของลักษณะประจำพันธุ์ (Uniformity) และมีความคงตัว (Stability) นอกจากนั้นกฎหมายยังกำหนดอีกด้วยว่า พันธุ์พืชนั้นต้องเป็นพันธุ์พืชใหม่ที่ไม่เคยมีการนำส่วนขยายพันธุ์มาใช้ประโยชน์ ไม่ว่าจะเป็นการขายหรือจำหน่ายด้วยประการใดๆ ทั้งในหรือนอกราชอาณาจักรโดยนักปรับปรุงพันธ์ หรือด้วยความยินยอมของนักปรับปรุงพันธุ์ เกินหนึ่งปีก่อนวันยื่นขอจดทะเบียน
3. การคุ้มครองพันธุ์พืชพื้นเมืองและพันธุ์พืชป่า
พระราชบัญญัติคุ้มครองพันธุ์พืช พ.ศ. 2542 ไม่ได้ให้ความคุ้มครองเฉพาะแต่พันธุ์พืชใหม่ตามอนุสัญญายูปอฟเท่านั้น แต่ยังให้ความคุ้มครองแก่พันธุ์พืชพื้นเมืองและพันธุ์พืชป่าอีกด้วย โดยกฎหมายให้คำนิยามของพันธุ์พืชป่าว่าหมายความถึง “พันธุ์พืชที่มีหรือเคยมีอยู่ในประเทศตามสภาพธรรมชาติและยังมิได้นำมาใช้เพาะปลูกอย่างแพร่หลาย” สำหรับพันธุ์พืชพื้นเมืองนั้น กฎหมายได้แบ่งแยกออกเป็น 2 ประเภท คือ พันธุ์พืชพื้นเมืองเฉพาะถิ่น ซึ่งหมายความถึง “พันธุ์พืชที่มีอยู่เฉพาะในชุมชนใดชุมชนหนึ่งภายในราชอาณาจักรและไม่เคยจดทะเบียนเป็นพันธุ์พืชใหม่” และพันธุ์พืชพื้นเมืองทั่วไป ซึ่งก็คือ “พันธุ์พืชที่กำเนิดภายในประเทศหรือมีอยู่ในประเทศซึ่งได้มีการใช้ประโยชน์อย่างแพร่หลาย” จากคำจำกัดความนี้ อาจกล่าวได้ว่าพันธุ์พืชทุกชนิดที่มีอยู่ในประเทศไทยจะได้รับความคุ้มครองตามกฎหมายนี้ แต่ระดับของความคุ้มครองจะแตกต่างกันไปตามประเภทของพันธุ์พืชแต่ละชนิด สำหรับการคุ้มครองพันธุ์พืชพื้นเมืองทั่วไปและพันธุ์พืชป่านั้น กฎหมายไม่ได้กำหนดเงื่อนไขว่าต้องให้บุคคลหรือชุมชนใดมาขึ้นทะเบียน แต่กฎหมายจะให้ความคุ้มครองพันธุ์พืช