ลักษณะเชิงคุณภาพ (quanlitative traits) เป็นลักษณะที่มียีนควบคุมเพียง 1-2 คู่ สภาพแวดล้อมแทบไม่มีอิทธิพลต่อการปรากฏของฟีโนไทป์ แต่ละฟีโนไทป์มาจากจีโนไทป์จำนวนน้อย และความสัมพันธ์ระหว่างฟีโนไทป์กับจีโนไทป์เป็นความสัมพันธ์แบบง่าย คือ สามารถระบุจีโนไทป์ของสมาชิกแต่ละตัวได้จากฟีโนไทป์ของสมาชิกนั้นหรือจากฟีโนไทป์ของลูก เนื่องจากมียีนควบคุมน้อยคู่และสิ่งแวดล้อมไม่มีอิทธิพลต่อฟีโนไทป์ทำให้สามารถแบ่งกลุ่มลักษณะเชิงคุณภาพได้อย่างชัดเจนตามยีนที่มีอยู่ เช่น ลักษณะผิวเมล็ด แบ่งฟีโนไทป์ได้ 2 ชนิด คือ เมล็ดเรียบ และเมล็ดย่น ลักษณะผิวเมล็ดมียีนควบคุม 1 คู่ มีแอลลีลอยู่ 2 ชนิด คือ R เป็นแอลลีลเด่นนำลักษณะเมล็ดเรียบ และ r เป็นแอลลีลด้อยนำลักษณะเมล็ดย่น ดังนั้นถ้าถั่วลันเตามีจีโนไทป์ R- จะมีผิวเมล็ดเรียบ แต่ถ้ามีจีโนไทป์ rr จะมีผิวเมล็ดย่น หากศึกษาลักษณะเชิงคุณภาพจะสามารถหาอัตราส่วนได้เนื่องจากแบ่งกลุ่มฟีโนไทป์ได้ชัดเจน และสามารถบอกรูปแบบการทำงานร่วมกันของยีนได้จากอัตราส่วนที่ปรากฏ เช่น ถ้ารุ่น F2 มีอัตราส่วน 3 : 1 แสดงว่าควบคุมด้วยยีน 1 คู่ และทำงานร่วมกันแบบข่มสมบูรณ์ เป็นต้น

การศึกษาลักษณะเชิงคุณภาพของข้าว ลักษณะพันธุกรรม คือ ลักษณะของสิ่งมีชีวิตที่ถ่ายทอดจากพ่อแม่สู่ลูก ซึ่งลักษณะพันธุกรรมนั้นอยู่ภายใต้การควบคุมของยีนและอิทธิพลของสภาพแวดล้อมร่วมกัน ลักษณะพันธุกรรมแบ่งเป็น 2 ประเภทหลัก คือ ลักษณะเชิงคุณภาพและลักษณะเชิงปริมาณ ลักษณะเชิงคุณภาพ (quanlitative traits) เป็นลักษณะที่มียีนควบคุมเพียง 1-2 คู่ สภาพแวดล้อมแทบไม่มีอิทธิพลต่อการปรากฏของฟีโนไทป์ แต่ละฟีโนไทป์มาจากจีโนไทป์จำนวนน้อย และความสัมพันธ์ระหว่างฟีโนไทป์กับจีโนไทป์เป็นความสัมพันธ์แบบง่าย คือ สามารถระบุจีโนไทป์ของสมาชิกแต่ละตัวได้จากฟีโนไทป์ของสมาชิกนั้นหรือจากฟีโนไทป์ของลูก เนื่องจากมียีนควบคุมน้อยคู่และสิ่งแวดล้อมไม่มีอิทธิพลต่อฟีโนไทป์ทำให้สามารถแบ่งกลุ่มลักษณะเชิงคุณภาพได้อย่างชัดเจนตามยีนที่มีอยู่ เช่น ลักษณะผิวเมล็ด แบ่งฟีโนไทป์ได้ 2 ชนิด คือ เมล็ดเรียบ และเมล็ดย่น ลักษณะผิวเมล็ดมียีนควบคุม 1 คู่ มีแอลลีลอยู่ 2 ชนิด คือ R เป็นแอลลีลเด่นนำลักษณะเมล็ดเรียบ และ r เป็นแอลลีลด้อยนำลักษณะเมล็ดย่น ดังนั้นถ้าถั่วลันเตามีจีโนไทป์ R- จะมีผิวเมล็ดเรียบ แต่ถ้ามีจีโนไทป์ rr จะมีผิวเมล็ดย่น หากศึกษาลักษณะเชิงคุณภาพจะสามารถหาอัตราส่วนได้เนื่องจากแบ่งกลุ่มฟีโนไทป์ได้ชัดเจน และสามารถบอกรูปแบบการทำงานร่วมกันของยีนได้จากอัตราส่วนที่ปรากฏ เช่น ถ้ารุ่น F2 มีอัตราส่วน 3 : 1 แสดงว่าควบคุมด้วยยีน 1 คู่ และทำงานร่วมกันแบบข่มสมบูรณ์ เป็นต้น การศึกษาลักษณะเชิงคุณภาพของข้าว กำหนดให้ลักษณะความเป็นข้าวเจ้า/ข้าวเหนียว มียีนควบคุม 1 คู่ คือ ยีน waxy (Wx/wx) โดยความเป็นข้าวเจ้าควบคุมด้วยแอลลีล Wx ที่เป็นแอลลีลเด่น และความเป็นข้าวเหนียวควบคุมด้วยแอลลีล wx ที่เป็นแอลลีลด้อย โดยแอลลีล Wx ข่ม แอลลีล wx สมบูรณ์ 1. การศึกษาฟีโนไทป์ความเป็นข้าวเจ้า และข้าวเหนียว ของข้าวเจ้าขาวดอกมะลิ 105 ที่ใช้เป็นแม่ และข้าวเหนียวพันธุ์ กข6 ที่ใช้เป็นพ่อ การเตรียมตัวอย่างข้าว 1) ข้าวเจ้าดอกมะลิ 105 จำนวน 10 ขวด ต่อห้อง 2) ข้าวเหนี่ยว กข 6 จำนวน 10 ขวด ต่อห้อง ข้าวเจ้าดอกมะลิ 105 เมล็ดค่อนข้างเรียวยาว สีขาวใส ข้าวเหนียว กข6 เมล็ดค่อนข้างป้อม สีขาวขุ่น 2. ศึกษา เมล็ดข้าวรุ่นที่ 2 (เมล็ด F2) ซึ่งเกิดจากการผสมตัวเองของต้น F1นับจำนวนเมล็ดที่เป็นข้าวเจ้า และข้าวเหนียวในประชากรของลูกรุ่นที่ 2 โดยใช้หลักเกณฑ์ในการจำแนกลักษณะความเป็นข้าวเจ้าและข้าวเหนียวของเมล็ด บันทึกผล การเตรียมตัวอย่าง ข้าวเจ้า 3 ส่วน ต่อข้าวเหนียว 1 ส่วน 1) นับข้าวเจ้าดอกมะลิ 105 จำนวน 180 เมล็ด บรรจุถุงซิบ 40 ถุง 2) นับข้าวเหนียว กข 6 จำนวน 60 เมล็ด บรรจุถุงซิบ 40 ถุง 3) นำข้าวเจ้าดอกมะลิ 105 จำนวน 180 เมล็ด และข้าวเหนียว กข 6 จำนวน 60 เมล็ด บรรจุขวดแก้ว จำนวน 10 ขวด ต่อห้อง 4) เตรียมไม้บรรทัด จำนวน 30 อัน ต่อห้อง วิธีการ 1. ศึกษาฟีโนไทป์ความเป็นข้าวเจ้า และข้าวเหนียวของข้าวขาวดอกมะลิ 105 ที่ใช้เป็นแม่ และข้าวพันธุ์ กข6 ที่ใช้เป็นพ่อ ทั้งสองพันธุ์เป็นพันธุ์แท้ บันทึกผลในตารางที่ 1 2. นับจำนวนเมล็ดที่เป็นข้าวเจ้า และข้าวเหนียวในประชากรของลูกรุ่นที่ 2 โดยใช้หลักเกณฑ์ในการจำแนกลักษณะความเป็นข้าวเจ้าและข้าวเหนียวของเมล็ด ดังนี้คือ สังเกตลักษณะความขุ่น และใสของเอนโดสเปิร์มของแต่ละเมล็ด ถ้าเมล็ดข้าวใสจำแนกให้เป็นข้าวเจ้า แต่ถ้าเมล็ดข้าวมีสีขาวขุ่นจำแนกให้เป็นข้าวเหนียว บันทึกผลในตารางที่ 2 3. นำค่าสังเกตที่ได้ไปตั้งสมมุติฐาน และทดสอบสมมุติฐานโดยใช้ค่าทางสถิติว่าลักษณะความเป็นข้าวเจ้า และข้าวเหนียวมียีนควบคุมจำนวน 1 คู่ หรือไม่ ด้วยตารางที่ 3 4. เขียนแผนผังการถ่ายทอดพันธุกรรมของลักษณะความเป็นข้าวเจ้าและข้าวเหนียว ตั้งแต่ชั่วพ่อแม่จนถึง F2 โดยแสดงทั้งจีโนไทป์ ฟีโนไทป์ และเซลล์สืบพันธุ์ การทดสอบโดยไคสแควร์ (2; Chi-square test) เป็นวิธีทางสถิตที่ง่ายที่สุดในการตัดสินใจยอมรับ/ปฏิเสธสมมุติฐานที่ตั้งไว้ ดังนั้นหากยีนควบคุมความเป็นข้าวเจ้า/ข้าวเหนียวมีจำนวน 1 คู่ และข่มแบบสมบูรณ์อัตราส่วนฟีโนไทป์ของลูกรุ่นที่ 2 จะเป็น ข้าวเจ้า 3 ส่วน ต่อข้าวเหนียว 1 ส่วน